ＳＴＡＧＥ１：月下の出撃
ＳＴＡＧＥ２：蒼を受け継ぐ者
ＳＴＡＧＥ３：ＥＸＡＭの真実
ＳＴＡＧＥ４：裁かれし者
【全体的な難易度】
平均難易度は２．８０。ユウやモーリンの撃破が敗北となる場合が多いのだが、モーリンはかなり撃破されやすいので、 あまり使わずに後方に下げ、オリジナルユニットで敵を残滅するようにすれば大抵のステージは問題なし。 ＳＴＡＧＥ３のみ防衛方法に気をつける必要がある。
【ストーリーの見どころ】
やはりこの物語の中心となるのはＥＸＡＭシステムとマリオンだ。このＥＸＡＭにユウとニムバスという２人のパイロットが どのように絡んでくるか、またＥＸＡＭというものをどのように捉えているかを追っていくとよい。そして、ＥＸＡＭとは本当は どういうものなのかを見極めて欲しい。
【オススメの機体】
ブルーディスティニーを使いたいと思う人が多いだろうが、接近攻撃１つ使うのにＭＰを消費し、 ミサイルを撃つだけで１／３もＥＮを消費するのはどう考えても効率がいいとは言えない。 使わないほうが賢明だとまでは言わないが、使いこなすのはかなり大変だ。
＜ＳＴＡＧＥ１：月下の出撃＞
勝利条件：敵軍ユニット全滅
敗北条件：ユウ、フィリップ、サマナ、モーリンのいずれかが撃破
オリジナルユニット配置数：１（ＭＡＰ１／１ヶ所）
ステージ難易度：★★★☆☆☆☆
【ユニット配置】
――ＭＡＰ１：空中――
| （自軍） | （敵軍） |
| ミデア×１（モーリン・キタムラ） | ※初期配置ユニットなし |
――ＭＡＰ２：地球――
| （自軍） | （敵軍） |
| ジムコマンド×３（ユウ・カジマ、フィリップ・ヒューズ、サマナ・フェリス） | ギャロップ×１（ジオン士官） |
| ミデア×１（連邦士官） | ┣ ザクUＪ型×１（ジオン兵） |
| ┗ ジムコマンド×３（連邦兵） | ┗ ザクキャノン×２（ジオン兵） |
| トーチカ×３（ジオン兵） | |
| ザクUＪ型×２（ジオン兵） | |
| | ６１式戦車×４（ジオン兵） |
| （敵軍増援：初期配置敵全滅後） | |
| ブルーディスティニー１号機×１（連邦兵） |
【攻略の指針】
ユウ、フィリップ、サマナ、モーリンのいずれかが撃破という条件がやや厳しめ。というのは、どのユニットも簡単に撃破される可能性があるからだ。 オリジナルユニットが十分強ければモーリンのミデアに全機を格納してＭＡＰ１に逃げておけば安全。戦力が足りなければ友軍のミデアを使って、 なるべくユウ達には仕事をさせないようにしたい。どれほどオリジナルユニットが弱かったとしても、きちんとチーム編成さえしていれば友軍のミデアとの 共闘で十分事足りるはず。向かってくる敵を迎撃してから残りの敵の残滅に向かおう。全滅後にマップ中央やや下よりに現れるブルーディスティニー１号機 は最大射程が４なので、対策のために射程５以上の武器を持つユニットを用意しておくとよい。６１式戦車あたりで十分だ。もちろん強いＭＳがいるなら そんなことは考えなくてよい。
＜ＳＴＡＧＥ２−１：蒼を受け継ぐ者（前半戦）＞
勝利条件：６ターン以内にミサイルを撃破
敗北条件：ユウが撃破 or ６ターン以内ミサイルが撃破できない
後半戦移行条件：６ターン以内にミサイルを撃破し、敵軍ユニット全滅
オリジナルユニット配置数：１（ＭＡＰ１／２ヶ所）
ステージ難易度：★★☆☆☆☆☆
【ユニット配置】
――ＭＡＰ１：地球――
| （自軍） | （敵軍） |
| ブルーディスティニー１号機×１（ユウ・カジマ） | 大型ミサイル×１ |
| ダブデ×１（ジオン士官） | |
| ┣ グフ×１（ジオン兵） | |
| ┗ ザクUＪ型×２（ジオン兵） | |
| グフ×１（ジオン兵） | |
| ザクUＪ型×２（ジオン兵） | |
| トーチカ×４（ジオン兵） | |
| 戦闘ヘリコプター×４（ジオン兵） |
【攻略の指針】
６ターンと制限はあるが、それほど敵も多くないので気にしすぎることはない。ただし、ブルーディスティニー１号機は地上しか移動できない ので、ミサイルの元に着くには時間がかかる。飛行可能な戦艦にＭＳを搭載したオリジナルユニットでミサイルを撃破するようにしたい。 基本的には全滅させる方向でよいが、残り３ターンになったら敵が残っていてもミサイル撃破に集中したほうがよい。 なお、ミサイルは爆発しないので、安心して接近戦で攻撃してよい。
＜ＳＴＡＧＥ２−２：蒼を受け継ぐ者（後半戦）＞
勝利条件：敵軍ユニット全滅
敗北条件：ユウが撃破 or モーリンが撃破 or 自軍本拠地占領
オリジナルユニット配置数：１（ＭＡＰ１／本拠地）
ステージ難易度：★★☆☆☆☆☆
【ユニット配置】
――ＭＡＰ１：地球――
| （自軍） | （敵軍） |
| ブルーディスティニー１号機×１（ユウ・カジマ） | ダブデ×１（ジオン士官） |
| ミデア×１（モーリン・キタムラ） | ┗ グフ×１（ジオン兵） |
| ┗ ジムコマンド×２（フィリップ・ヒューズ、サマナ・フェリス） | ダブデ×１（ジオン士官） |
| ミデア×２（連邦士官） | ┗ ドム×１（ジオン兵） |
| ┗ ジムコマンド×４（連邦兵） | ドム×３（ジオン兵） |
| ＴＩＮコッド×１（連邦兵） | ザクキャノン×４（ジオン兵） |
| トーチカ×２（ジオン兵） | |
| ズゴックＥ×１（ジオン兵） | |
| ハイ・ゴッグ×２（ジオン兵） | |
| | ドップ×５（ジオン兵） |
| （敵軍増援：５ターン目） | |
| イフリート改×１（ニムバス・シュターゼン） |
【攻略の指針】
敵はやや多くなっているが、味方も多いので対処は難しくないはず。安全のため、モーリンのミデアは本拠地に格納してしまうとよい。 また、ユウも本拠地周辺で撃破されないように逃げ回るのがベター。残りの自軍とオリジナルユニットで敵の全滅を図る。 攻めてくる敵を迎撃して、残りの敵を残滅するのが効率がよい。敵軍水中部隊に対しては水中用ＭＳで対抗するのが最善だが、 なければＭＳを海中に移動させて、ビームサーベルなどの接近戦で叩くという方法もある。 増援のイフリート改はブルーディスティニー戦同様に、射程５以上の武器で弱らせて叩く戦法が有効。
＜ＳＴＡＧＥ３：ＥＸＡＭの真実＞
勝利条件：敵軍ユニット全滅
敗北条件：ユウが撃破 or モーリンが撃破
オリジナルユニット配置数：１（ＭＡＰ１／４ヶ所）
ステージ難易度：★★★★☆☆☆
【ユニット配置】
――ＭＡＰ１：地球――
| （自軍） | （敵軍） |
| ＨＬＶ×１（モーリン・キタムラ） | ドム×８（ジオン兵） |
| ┣ ブルーディスティニー１号機×１（ユウ・カジマ） | ザクキャノン×４（ジオン兵） |
| ┗ ザクUＪ型×２（フィリップ・ヒューズ、サマナ・フェリス） | ザクUＪ型×１０（ジオン兵） |
【攻略の指針】
画面中央に向かって一気に敵が進軍してくるが、敵ＭＳの移動力が違うので到達時間は微妙にずれてくる。 これを生かしてドム隊を片付けたらザク隊が来るまでに回復しておくとよい。ステージ設定としては囲い込みが有効だが、 実際それをするのはかなり面倒なので集まってきた敵を逐一迎撃するのが得策だ。このとき、ＨＬＶが標的にならないように、 上下に少し開いて部隊を展開させるとよい。敵が積極的にＨＬＶを狙ってくるので無策では危険なステージと言える。
＜ＳＴＡＧＥ４：裁かれし者＞
勝利条件：敵軍ユニット全滅
敗北条件：モーリンが撃破
オリジナルユニット配置数：２（ＭＡＰ１／１ヶ所、ＭＡＰ２／１ヶ所）
ステージ難易度：★★★☆☆☆☆
【ユニット配置】
――ＭＡＰ１：宇宙――
| （自軍） | （敵軍） |
| ※初期配置ユニットなし | ゲルググ×３（ジオン兵） |
| リック・ドム×３（ジオン兵） | |
| ザクUＦ型×６（ジオン兵） | |
| ザクT×３（ジオン兵） |
――ＭＡＰ１：宇宙――
| （自軍） | （敵軍） |
| ＨＬＶ×１（モーリン・キタムラ） | ブルーディスティニー２号機×１（ニムバス・シュターゼン） |
| ┣ ブルーディスティニー１号機×１（ユウ・カジマ） | チベ×１（ジオン士官） |
| ┗ ボール×２（フィリップ・ヒューズ、サマナ・フェリス） | ┣ ゲルググ×１（ジオン兵） |
| ┣ 高機動型ザクU×２（ジオン兵） | |
| ┗ ザクT×１（ジオン兵） | |
| ザクUＦ型×６（ジオン兵） |
【ムービー発生条件】
@ユウのブルーディスティニー１号機とニムバスのブルーディスティニー２号機の２回目の戦闘時に発生。
（ブルーディスティニー２号機が撃破される。）
【攻略の指針】
またもモーリンが撃破されると敗北となってしまうが、オリジナルユニットと離れた場所に配置されるので、 まずはオリジナルユニット部隊への合流を考えたい。素早い合流を目指すために、移動力の高い戦艦は必須。 戦力が整っているならＭＡＰ２に配置して、ＭＡＰ２の上方に展開している敵を撃破しながら合流を目指す。 やや不安があるならＭＡＰ１に配置して、画面下に向かって移動するとよい。どちらの場合も、モーリンやユウ達は 画面上に向かって移動させておく。２部隊出して、敵を撃破する部隊と味方を救援する部隊に分けてもよいが、 兵力を分散させるのは賢い作戦とはいえないので、そうでない場合は１部隊にまとめたほうがやりやすい。 合流してしまえばあとは敵を迎撃するだけなので問題ないだろう。ブルーディスティニー２号機への対処法は イフリート改などと同じ。