・海洋探査人工島（研究所〜大海のよどみ） 出現率：高
（バハムート戦前）
固定： ヘッジヴァイパー、ヘッジヴァイパー＋ボム＋ブエル、ヘッジヴァイパー＋ブラッドソウル×２、ルブルムドラゴン（研究所）
ボス： バハムート
固定：
海洋探査人工島・研究所に出現する固定敵は通常よりレベルが10高い。
光の輪が発生している時に右もしくは上に移動しようとすると固定敵（ヘッジヴァイパー＋α）との戦闘に突入する。（この戦闘は逃走可能）
フロアの右上に到達すると、会話の後にルブルムドラゴンとの戦闘に突入する。（この戦闘からは逃げられない）
ルブルムドラゴンとの固定戦闘のうち、「別に望んでる訳じゃない……」と「悪いが……それはできない」を選んだ後の戦闘では経験値を獲得するが、
「何かを守るためだ」と「そういう話は……興味ない」の後の戦闘では経験値が入らない。
なお、「悪いが……それはできない」を選んだ後の戦闘では必ずバックアタックされる。
ボス：
３回目の選択肢で「（その存在が……）」を選ぶと、バハムートとの戦闘に突入する。
アレイズなどをドローするのも悪くないが、精神無視の全体魔法攻撃「メガフレア」（攻撃力120）はかなり強烈なので、残りＨＰに注意しておこう。
（バハムート戦後〜アルテマウェポン戦前）
固定： トライフェイス、トライフェイス、トライフェイス（大海のよどみ１）
グレンデル＋ガルキマセラ、グレンデル＋ガルキマセラ、グレンデル＋ガルキマセラ（大海のよどみ２）
ベヒーモス、ベヒーモス、ベヒーモス（大海のよどみ３）
ルブルムドラゴン、ルブルムドラゴン、ルブルムドラゴン（大海のよどみ４）
鉄巨人×２、鉄巨人×２、鉄巨人×２（大海のよどみ５）
ボス： アルテマウェポン（エデン）
研究所（バハムート戦後）（MAP500-B）・研究所（樹木出現後）（MAP500-C）
00： ヘッジヴァイパー＋ブラッドソウル
01： ヘッジヴァイパー＋ブエル
02： ヘッジヴァイパー＋ブラッドソウル
03： ボム＋ブエル＋ブラッドソウル
04： ルブルムドラゴン＋ボム
作業区第２層（MAP502）
00： グレンデル＋ボム
01： ボム
02： グレンデル＋ボム
03： トライフェイス
04： トライフェイス
作業区第３層（No.1・No.2・No.3）（MAP504）
00： グレンデル＋ボム
01： ボム
02： グレンデル＋ボム
03： グレンデル＋ボム×２
04： トライフェイス
作業区第４層（No.4・No.5・No.6）
00： グレンデル
01： グレンデル
02： グレンデル×２
03： クアール＋ボム×２
04： クアール＋ボム×２
作業区第５層（No.7・No.8・No.9）
00： グレンデル＋ガルキマセラ
01： グレンデル
02： グレンデル＋ガルキマセラ
03： クアール＋ボム×２
04： クアール＋ボム×２
予備蒸気圧室（No.0）（MAP505）
00： ボム＋ガルキマセラ×２
01： ボム＋ガルキマセラ×２
02： ドラゴンイゾルデ＋ガルキマセラ
03： オイルシッパー＋ボム
04： オイルシッパー＋ボム
大海のよどみ２（MAP507）
00： トライフェイス
01： トライフェイス
02： グレンデル＋ガルキマセラ
03： ベヒーモス
04： ベヒーモス
大海のよどみ３（MAP508）
00： グレンデル＋ガルキマセラ
01： トライフェイス
02： グレンデル＋ガルキマセラ
03： 鉄巨人×２
04： ルブルムドラゴン
大海のよどみ４（MAP509）
00： 鉄巨人×２
01： トライフェイス
02： 鉄巨人×２
03： ベヒーモス
04： エルノーイル
大海のよどみ５（MAP510）
00： グレンデル＋ガルキマセラ
01： グレンデル＋ガルキマセラ
02： 鉄巨人×２
03： エルノーイル
04： エルノーイル
海洋探査人工島・研究所に出現する通常モンスターは通常よりレベルが10高く、
海洋探査人工島・作業区〜大海のよどみに出現する通常モンスターは固定敵・ランダムエンカウントともに通常よりレベルが15高い。
大海のよどみ６でアルテマウェポンを撃破すると、研究所〜大海のよどみまでの全フロアのうち、作業区第２層・予備蒸気圧室の２ヶ所を除くすべてのフロアで敵が出現しなくなる。
海洋探査人工島は様々な強敵、特に後述の固定敵トライフェイスを狩るのに都合のいい場所であるが、
アルテマウェポンからは「たべる」「ＧＦ能力薬精製」などの非常においしいアビリティを修得するＧ．Ｆ．をドローすることができるので、
どのタイミングでアルテマウェポンを倒すべきか、なかなかに悩ましいところである。
固定：
予備蒸気圧を10〜13残した状態で作業区第６層に降り、ゼルに大海のよどみへの扉を開けてもらうと、大海のよどみ１〜５で計15回の固定戦闘が発生する。
この固定敵はセーブしたりフロアを移動したりすると何度でも復活する上、逃げることができないため、最下層を目指す時にはなるべく出現させたくないところであるが、
これらの固定敵、特にトライフェイスと容易にエンカウントできるという点を活かし、呪いの爪などの材料アイテム収集に励むのも悪くない。
ボス：
大海のよどみ６で戦うアルテマウェポンからはＧ．Ｆ．をドローすることができるので、忘れずに。
アルテマウェポンは高確率でアルテマストーン×100を落としていく他、超低確率でスリースターズを「ぶんどる」ことができる。
なお、「リヒト・ゾイレ」は味方１人に防御力無視で9999ダメージを与える攻撃で、これを回避するには無敵状態になるしかない。
（アルテマウェポン戦後）
作業区第２層（MAP502）
00： グレンデル＋ボム
01： ボム
02： グレンデル＋ボム
03： トライフェイス
04： トライフェイス
予備蒸気圧室（No.0）（MAP505）
00： ボム＋ガルキマセラ×２
01： ボム＋ガルキマセラ×２
02： ドラゴンイゾルデ＋ガルキマセラ
03： オイルシッパー＋ボム
04： オイルシッパー＋ボム
この２ヶ所に出現する通常モンスターは、通常よりレベルが15高い。
モンスターの出現率が高く、さらに作業区第２層ではデータロード後２戦目で確実にトライフェイスと出会えるのが嬉しい。
（とはいえ、効率という面から言うと、やはり前述の大海のよどみ１の固定敵には劣る。）
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