アークエンジェル：
連合軍がガンダムと同時に母艦として開発していた最強戦艦。ラミネート装甲という特殊装甲は、ビームを熱に変えて無力化してしまうし、なぜか実弾も全然平気。さらに常軌を逸する旋廻性能を持ち、その脅威の機動性は艦長が「回避！」と叫ぶとビームを回避できるほど。しかもエネルギー源は核融合に類するものらしく、エネルギー切れはまずないという。どう考えても強すぎる。その割りに連合上層部はこれをアラスカで処分しようとした。
ザフトから「足つき」と呼ばれ恐れられている。
最後まで破壊されることなく残ったが、味方の戦艦が増殖していったことで役割が散漫になっていったところはある。
ストライクガンダム：
キラ・ヤマトが搭乗する、前半の主役機。正式名は「ストライク」だけで、キラが勝手にＯＳ名の頭文字を取って「ガンダム」と呼んでいた。
基本的に汎用型。フェイズシフト装甲によって、ビーム以外の攻撃は防いでしまう。
本体の武装は腰のアーマーシュナイダー（ナイフ）、頭のイーゲルシュテルン（バルカン）、背中にビームサーベル。あとビームライフル、シールド、バズーカと、普通の装備が揃っている。さらに「ストライカー」と呼ばれるオプション装備によって、様々な戦況に対応できる。近年の流行を取り入れた、実にスタンダードなガンダムと言える。
イージスの自爆攻撃によって大破したものをオーブに回収され、ナチュラル用OSを搭載されてフラガ専用機となったが、49話でドミニオンの攻撃を受けて破壊された。
せっかくのストライカーを上手く生かせなかったので、「ただのガンダム」以上の存在ではなかった。フラガにおさがりとなったことで主役機としても半端な印象。結構ゴツい外観がキラと似合ってなかったせいもあるかもしれない。
・エールストライク：
ストライクガンダムの機動力を高める装備。背中のバーニアで、重力下でもわずかに空を飛べるほどの推力。
一番使われる装備というか、もっぱらこれしか使っていない。シールドとライフルは本来この装備とセットらしいが、そんなことはどうでもいい。
ストライクルージュもこれを装備していた。
・ランチャーストライク：
砲撃戦仕様のストライク。バスターガンダムと似た装備。超高速インパルス砲「アグニ」をかついでいるが、それってどういう武器だろう？とにかく強いビームだと思えば間違いなさそうだが、そもそもビーム自体が謎である。
スカイグラスパーがよく使っていたが、アラスカでデュエルガンダムに壊されてしまった。が、もう一個あったようでフラガもメンデルで使用。
・ソードストライク：
ベルセルクばりの大剣、対艦刀「シュベルトゲーベル」を背負った、近接戦仕様ストライク。八つ裂き光輪のようなビームブーメランも持っている。
接近戦用であるためか出番は少なく、ブリッツガンダムの切断バンクが主な活躍。そしてその爆発に剣が巻き込まれている。それ以降使ってないので、壊れたのだろう。
ストライカーは、ソードが右手と左肩、ランチャーが左手と右肩、そしてエールが背中に取り付けなので、構造的にはそれぞれ同時に装備する事も可能だが、その状態で戦えるかどうかは不明。当ページでは、その状態のことをトリニティストライクと勝手に呼んでいる。
ちなみにストライカーはフェイズシフト装甲ではない。
バスターガンダム：
ディアッカ搭乗機。砲撃戦仕様。右肩に実弾武器、左肩にビーム兵器を装備して、それぞれ使い分ける。
またこの二つの武器はつなぐことでパワーアップする。ビームと実弾、前に差し込んだほうの武器がパワーアップするという無茶な合体機構だが、おそらくゲッター線を浴びたものと推測される。「ゲッタアァァァビイィィィィム！！」
メビウスやスカイグラスパーとよく絡んでいて、ザフトでは比較的活躍したほうだったが、ディアッカごとアークエンジェルに行ってしまった。フリーダム・ジャスティスと違って飛べない。
最終話でかなり破壊されたが、原型はとどめていた。ディアッカともどもしぶとい。
メビウス＜ゼロ＞：
フラガ専用のモビルアーマーで、他の人間には扱えない。有線制御の銃を装備している。ジオングのような攻撃が可能。かなり後になってクルーゼにライバル視されていたが、まさか宇宙世紀みたいに超能力で動かしているわけじゃないと思いたいが……
宇宙用。地上では使いようがなく、以後出番なし。まだアークエンジェルの中にあるかもしれない。
スカイグラスパー：
地上用の戦闘機のようなモビルアーマーだが、はっきり戦闘機と断言されることもある。ビーム兵器を装備しており、攻撃力は高い。ストライカーを取り付ける支援メカでもある。
2機存在しており、フラガとカガリが搭乗。そしてトールもろとも一機撃墜された。もう一機もアラスカで壊れた？
スカパーと呼んではならない。
エターナル：
ザフトの新造戦艦だが、ラクスたちに奪われる。ピンク色。艦長はアンディ・バルトフェルト。
ジャスティスとフリーダムの運用のみを想定しており、他のMSは搭載すらしていなかった。
船首には「ミーティア」というフリーダム＆ジャスティス専用の武装が取り付けられている。
最後のラクスやアンディ同様、なんとなく影が薄い。破壊されることもなかった。
フリーダムガンダム：
４機のガンダムなどを参考にザフトで開発された最新鋭MSだが、ラクスの裏切りによってキラの手に渡り、アークエンジェルにやってきた。ニュートロンジャマーキャンセラーなるすさまじい装置が取り付けられており、これによって核エンジンを搭載することができた。戦闘中のエネルギー切れはなく、ザフト製で初のフェイズシフトが半無限という恐ろしいメカ。核燃料だって補給は必要だと思うのだが、とにかく補給無しでいいらしい。
さらに恐るべきはその火力で、腰のレールガン×２と背中のビーム×２と手のビームライフルで視界に入った全ての敵をロックオンして、一人残らず瞬時＆同時に無力化できてしまう。しかもパイロットは一人も殺さずに。うげえ。
色合いは白系だが、ストライクとは似ていない。ザフト製だけあって曲線的なデザインでもある。背中の青黒い翼が悪魔みたいで見栄えもする。しかし展開するとガンダムダブルエックスにそっくりという困った点もある。
最終話で、プロヴィデンスと戦って破壊されてしまった。
あまりにも強すぎる存在であり、戦力バランスのゆがみの象徴でもある。これを振り回すキラ像は少なからずこの機体の無茶さを反映されてゆがんでいった気がする。
ジャスティスガンダム：
フリーダムとともに開発されたザフトのMSで、やはり核で動く。奪われたフリーダムを倒すためアスランが搭乗する。しかしフリーダムと戦う前にあっさりと仲間になってしまい、アークエンジェルはますます無敵になった。
カラーリングはイージスに似ているが、その設計はむしろシグーやディンに近い感じがする。
背中にリフターと呼ばれる飛行装備があり、これで空を飛ぶ。さらにリフターを肩に展開したり、分離して別行動をしたりと変則的な戦いが出来る。
武器はビームライフルのほかに、肩のビームブーメラン、双刀になるビームサーベルがある（フリーダムと共通のもの）。
しかし超ロックオンなどは控えめで、「フリーダムより若干劣っている」というイメージが抜けず、すさまじい実力にもかかわらずアスランと共にヘタレ街道をつっぱしることになる。最終的にジェネシス阻止のためイージスに引き続いて自爆、その最期はスロー再生しないと見えないほど一瞬だった。
・ミーティア：
フリーダムとジャスティスのために開発されたデンドロビウム。大量のミサイル、巨大ビームサーベルなどの武装で超ロックオンも可能。
クサナギ：
オーブの戦艦。アークエンジェルとともに宇宙へ飛ぶ。パーツごとに分解して打ち上げ、宇宙でドッキングする。
本来はヘリオポリスと地球を連絡する艦らしい。アークエンジェルの原型となった艦でもある。あまり活躍はしなかったようだ。
ストライクルージュ：
オーブに回収されたストライクは、修理とともに予備パーツも製造されていたそうで、それがクサナギに積み込まれて宇宙で建造されたのが赤色のストライクルージュ。
カガリ専用機となって、最終局面でそこそこ活躍した。要塞の自爆か何かに巻き込まれたが、小破にとどまっている。
フェイズシフトダウンすると初期ストライクと見分けがつかず、キラを迎えに行く姿は結構サマになっていたが、いかんせん「ストライクはカガリごときでも扱える旧式」というイメージを植え付けてしまっている。
M1アストレイ：
オーブが極秘に開発していた量産型ガンダム。キラが開発に協力したナチュラルでも操縦できるOSを搭載。
ビーム兵器を装備しており、その点でジンより優秀。さらに空も少し飛べるような感じ。
ただし基本的にはそんなに強くない。フェイズシフトでもない。ジム程度の活躍しかできなかった。
ガンダムってなんだろう……
ドミニオン：
月で建造されたアークエンジェル級２番艦。見た目はアークエンジェルの色違いで武装も回避能力も全部一緒。艦長はナタル・バジルール少佐。
アラスカで処分されようとしていたものをわざわざ作り直す連合の根性が知れない。
アークエンジェルと戦って破壊された。
カラミティガンダム：
連合の３機の後期型ガンダムのひとつで、強化人間オルガが乗る。砲撃戦仕様で、三機の中で唯一空を飛べない。
両肩にキャノン、右手にバズーカ、胸にはイージスと同じスキュラ。設定画を見るとバズーカがキャノンとぶつかってるように見えるが幻覚だろう。ビームが多すぎてすぐエネルギーが切れる。
3大ガンダムはエネルギー切れでも色落ちしないトランスフェイズ装甲を採用。
ザコ以外にはあまり活躍しなかった。ミーティア装備のジャスティスのサーベルに斬られて爆砕。
フォビドゥンガンダム：
強化人間シャニの乗機。防御力に特化した珍しいモビルスーツで、背中のリフターを前面に展開することで実弾は弾かれ、ビームは曲げられる。しかもリフターは空を飛ぶ装置でもある。自分で撃つビームもなぜかぐるぐる回る。接近戦の鋼鉄の鎌も強力。しかしもろにデスサイズなのが難点。
大した活躍はなく、デュエルガンダムに破壊された。
レイダーガンダム：
強化人間クロトのMS。空戦がメイン。飛行形態に変形するとウイングガンダムのように鍵爪が付いてる。しかも飛行メカのくせに何を血迷ったかハイパーハンマーを装備している。口にビームが装備されて、いかつい表情。
カラミティの輸送役でもあり、地上では背中に乗せて飛んでいた。
しかし活躍できるひまもなく、バスターの大砲装備のデュエルに破壊された。
ストライクダガー：
いつのまにか量産されていたストライクガンダム、と見せかけて別プランの量産計画で生まれたストライクもどきらしい。M1アストレイとほとんど同じ性能だが、こちらはジム系の顔である。
背中は小さいバックパックだけだが、空飛んでたような…
メビウス：
連合の主力兵器。ただの宇宙戦闘機。全然強くない。しかし核武装できる。
ミストラル：
コロニー戦でちょこっと出てきたしょぼいメカ。作業用っぽい。
イージスガンダム：
アスラン・ザラの搭乗する赤いガンダム。四本の爪を持つモビルアーマーに変形（両手と両足がそれぞれ同じ形状の爪になる）して、その真ん中（MS形態では腹部の位置）から「スキュラ」と呼ばれる強力なビームを発射する。
武器は長砲身のビームライフルで、手足にはビームサーベルが内蔵されている。
ストライクを巻き込んで自爆してその生涯を終えたが、ストライクは後で復活してきた。浮かばれないやつ…
デュエルガンダム：
イザークのガンダム。汎用型で、ストライクと同じくオプション装備を取り付ける構造になっているが、それらは開発される前にザフトに奪われたようだ。
ほどなくして、そのオプションとしてザフト製の「アサルトシュラウド」（「シュラウド」は「（死体を）包む布」だそうだ。死に体のガンダム）という増加装甲でパワーアップしたが、特長がなく、地味。しかもすぐやられて戦線離脱してしまう。
アサルトシュラウドはジン用に開発されていたものを転用したらしい。ザフト製なのでフェイズシフトではなく、防御より攻撃のための装甲といえる。また宇宙空間では機動力を高めるバーニアを内蔵した装甲だが、地上では重くてスピードダウンとなる。しかしなぜか外す気配はなく、49話で破壊されたか！と見せかけて中身は無事だった！という演出。まさかそのためだけに着けっぱなしだったのでは……。
武装はストライクと大差ない。アサルトシュラウドは右肩にレールキャノン、左肩にミサイルランチャー。
ブリッツガンダム：
ニコルのガンダム。姿を消す「ミラージュコロイド」を使う事ができる。使用中はフェイズシフトも切れるが、どうせこの能力はあまり活用されなかった……。
右手にはトリケロスと呼ばれる弾頭つきの盾、左手にはグレイプニルという鍵爪を装備。多彩な攻撃を行えるが、出番が少ない。
で、ソードストライクに斬られて爆砕。以後回想シーンのお供に。
ジン：
ザフトの汎用型主力モビルスーツ。背中に翼、頭に羽飾り、そしてモノアイ。
マシンガン、バズーカ、剣など、多彩な武器を装備できる。フェイズシフトを持つガンダムには無力に等しいが、メビウス相手ならかなりの有利、らしい。
シグー：
ジンの強化版らしい、白いモビルスーツ。クルーゼだけが搭乗しているが、クルーゼ専用というわけではなく、指揮官用らしい。終盤になって何機か登場していた。
ゲイツ：
メカコンテスト優秀作。メンデルでクルーゼが搭乗した新型量産機。ビームライフルや鍵爪状のビーム、さらにワイヤークローでフラガ搭乗のストライクを苦しめる。だがフリーダムの前にはゴミ同然のメカ。「ビームを持ったジン」でしかなく、クルーゼはシグーに乗りなおす始末。
ザウート：
陸戦用のモビルスーツ。その姿はF-91に出てきたガンタンクR-44にそっくり。砂漠戦で支援物資として送られてきたが、何の活躍もしなかった。その後もたまに背景に映るのみ。
名古屋のガンダムSEED展で見たときはもっと活躍しそうだったのだけど。
実はジンより古い機体らしい。
バクゥ：
砂漠で活躍した、高機動の4足歩行モビルスーツ。「ゾイドだ」、と言われ続けていたが、本当にそうだった。動く時、なぜかこいつらだけCG描画になる。
ラゴゥ：
バクゥの指揮官用の発展型で、アンディが搭乗。しかしストライクと戦って敗北、爆死。
ヴェサリウス：
クルーゼ隊の母艦。ナスカ級の戦艦。メンデル付近でエターナルの攻撃で爆砕。
ガモフ：
クルーゼ隊といっしょに行動した戦艦。大気圏で特攻をしかけ爆砕。ヴェサリウスより格下のローラシア級。
ディン：
ザフトの空戦用モビルスーツ。背中に翼があるが、羽ばたくわけではないし、十分な揚力を生み出すようでもないが、とにかく飛べる。
実はシグーとほぼ同型。クルーゼもアラスカではこれに乗った。
グーン：
尖った頭が愛らしい、水中用モビルスーツ。魚雷を撃つが、アークエンジェルが浮上するだけで避けられてしまうというかわいそうなメカ。
体当たりを得意としてるくせに、ナイフを刺されただけで水圧でペシャンコになるというお茶目な一面を持つ。ひ弱なくせに体当たりとは健気なやつ。
ゾノ：
緑色の大柄なゴッグみたいな水中用MS。レーザー攻撃やクロー攻撃を行う。ボスっぽい性能からか、あまり生産されていない。
プロヴィデンスガンダム：
ザフト最後のガンダム。最終決戦でクルーゼが搭乗、サイコミュみたいなのでキラを苦しめる。
フリーダムと互角に渡り合い、相撃ちとなる。
ガンダムアストレイ：
外伝の主役メカ。初期オープニングで少しだけ映っていた。ヘリオポリスが連合にも隠して密かに開発していたガンダム。
レッドフレームとブルーフレーム、そして破壊されたゴールドフレームの三機が存在する。これをもとにM1アストレイは開発された。
レッドフレームはガーベラストレートという名の日本刀を使用、さらにビームを居合でぶった斬る。こうした馬鹿設定はおそらく本編がそういうノリ（リアルにこだわらない感じ）だとみて考えられたのだろうが…
フェイズシフト装甲：
ガンダムたちに搭載されている、相転移によって実弾兵器をほぼ完全に防御する装甲。理屈はよくわからないが、究極生命体カーズが溶岩の中で生存するのと似たような原理ではないかと思う（ジョジョネタなので、あまり気にしないでほしい）。
ただしエネルギーを消費するので、話の展開によって都合よくフェイズシフトダウンすることもある。
あとさすがに同じ場所に何百発も食らうとダメらしい。それとビームは防がない。だが熱は防ぐらしい。するとなぜビームを防がないのかがむしろ疑問。
活性化していないときは灰色になる。ストライクルージュが建造中に活性化していたことがちょっと気になったり。
トランスフェイズ装甲：
連合3バカの後期ガンダムに採用されている。どうもフェイズシフトを内側に隠しているだけらしい。
色味の変化はない。
シールド：
ストライクをはじめ、ガンダムたちが持つシールドはフェイズシフトではないのだが、ビームをも防ぐのだ。
モビルスーツの装甲に使うには何か問題があるらしいが、これはなかなかスゴい技術だ。というより防御が固すぎる。
ニュートロンジャマー：
核分裂を阻止する作用を持つ装置。地上にはザフトの手によってこれが大量に打ち込まれ、原子力発電は使えなくなりエネルギー問題が発生した。そしてMSはこれの影響を受けないようにバッテリーで動く。
またレーダーを阻害する効果もある。要するにミノフスキー粒子の効果を持つのだが、こちらはそれほど強力ではないようだ。